रोमिला थापर अपने ऐतिहासिक लेखनों में यह मत प्रस्तुत करती हैं कि सिंधु घाटी सभ्यता के निवासियों ने अपनी धार्मिक प्रथाओं के कोई निश्चित प्रमाण नहीं छोड़े, इसलिए उनके वास्तविक धार्मिक विश्वासों को निश्चित रूप से जानना संभव नहीं है। किंतु मोहनजोदड़ो से प्राप्त पुरातात्त्विक अवशेषों का अधिक निकटता से अध्ययन करने पर इस दृष्टिकोण के विपरीत कुछ संकेत दिखाई देते हैं।
प्रसिद्ध “पशुपति” मुहर की व्याख्या अक्सर केवल सींगों वाली आकृति के रूप में की जाती है। किंतु यह मत प्रस्तुत किया गया है कि यह आकृति वेदों तथा शिव अष्टोत्तर शतनामावली (शिव के 108 नाम) में वर्णित भगवान रुद्र के पारंपरिक स्वरूप से समानता रखती है। इस व्याख्या के अनुसार, देवता के सिर के ऊपर दिखाई देने वाली विशिष्ट आकृति को सींगों के बजाय रुद्र से संबंधित पवित्र प्रतीकात्मक स्वरूप माना जा सकता है। इसके अतिरिक्त, इन पुरातात्त्विक अवशेषों में वैदिक आध्यात्मिक परंपरा से संबंधित माने जाने वाले कुछ चिह्न भी दिखाई देते हैं, जिनमें पवित्र गंगा नदी के प्रतीकात्मक रूप, ओंकार की आंशिक आकृतियाँ तथा प्रणव चिह्न के स्पष्ट निरूपण शामिल बताए जाते हैं। साथ ही स्वस्तिक चिह्न की व्यापक उपस्थिति और भगवान शिव के विभिन्न रूपों से जोड़ी जाने वाली आकृतियों के आधार पर यह तर्क दिया जाता है कि इस सभ्यता के समय एक गहराई से स्थापित वैदिक परंपरा विद्यमान थी।